Die Sekundarstufe der Europäischen Schule hat zwei Ziele zu erfüllen, einerseits fächerbezogene Grundlagen zu schaffen und andererseits die persönliche Entwicklung des Schülers in einem erweiterten sozialen und kulturellen Kontext zu fördern. Das fächerbezogene Lernen umfasst den Erwerb von Wissen und dessen Anwendung, sowie Konzepte und Fertigkeiten innerhalb jedes einzelnen Unterrichtsfaches. Die persönliche Entwicklung der Schüler erfolgt im geistigen, moralischen, sozialen und kulturellen Umfeld. Sie umfasst das Bewusstsein für angemessenes Verhalten, das Verständnis für die Umwelt, in der sie leben und arbeiten, sowie die Herausbildung einer eigenen Identität.

In der praktischen Umsetzung sind diese Ziele nicht voneinander zu trennen. Sie werden im Zusammenhang mit einer verstärkten Sensibilisierung für den Reichtum der europäischen Kultur entwickelt. Dieses Bewusstsein und die Erfahrungen aus dem alltäglichen Zusammenleben an den Europäischen Schulen sollen den Schülern helfen, die Tradition jedes einzelnen europäischen Landes bzw. jeder Region zu achten und gleichzeitig ihre eigene Identität zu festigen. Die Schüler der Europäischen Schulen sind zukünftige Bürger Europas und der Welt. Deshalb benötigen sie eine Reihe von Kompetenzen, um den Herausforderungen einer sich rasch verändernden Welt begegnen zu können. 2006 haben Europarat und Europäisches Parlament dem Europäischen Referenzrahmen mit den Schlüsselkompetenzen für lebenslanges Lernen zugestimmt. Er benennt acht Schlüsselkompetenzen, die jeder Einzelne zur persönlichen Entfaltung und Entwicklung, zu aktivem Handeln als Staatsbürger, zu sozialer Eingliederung und für das Berufsleben erlangen sollte:

Spezifische Ziele und didaktische Prinzipien sind in den Lehrplänen für jedes Fach beschrieben.

Die Lehrpläne sind in allen Sprachabteilungen – mit Ausnahme in der Muttersprache – vereinheitlicht und unterliegen den gleichen Anforderungen. In den einzelnen Sprachabteilungen führen sie alle zur gleichen Prüfung – dem Europäischen Abitur.

Neben der fachgebundenen Lernorganisation mit Schwerpunktthemen unterstützen verschiedene Projekte einen Cross-Curricula-Ansatz, der es Schülern ermöglicht, transversale Kompetenzen wie Unternehmertum und Zivilgesellschaft zu entwickeln. Internationale Umfragen und Untersuchungen bestätigen den Zusammenhang zwischen Motivation, Haltung und Selbstvertrauen einerseits und Leistungs- und Karrieremöglichkeiten andererseits. Deshalb ist die Einstellung zum Lernen und zur Motivation nicht nur wichtig, um gut in der Schule zu spielen, sondern ist auch entscheidend für die zukünftigen beruflichen Karrieren der Studenten.

Die Leistungen der Schüler werden regelmäßig beurteilt und die Zeugnisse werden viermal pro Jahr ausgestellt. Die Beurteilungen basieren gleichermaßen auf der Mitarbeit im Unterricht wie auf den Prüfungsergebnissen, auch wenn formelle Prüfungen nicht Bestandteil der Beobachtungsstufe sind. Eine vom Obersten Rat beschlossene Versetzungsordnung entscheidet darüber, ob ein(e) Schüler(in) am Ende des Schuljahrs in die nächsthöhere Klasse versetzt werden kann oder nicht.